۱- نبود نظام پژوهش‌محور: بیشتر برنامه‌های درسی بر حفظیات و آموزش نظری متمرکز است، نه بر پژوهش و تولید دانش جدید. ۲- کمبود بودجه و امکانات علمی: کمبود منابع مالی سبب شده تا کتابخانه‌ها و تجهیزات پژوهشی فرسوده یا ناکافی باشند. بدون زیربنای علمی قوی، رقابت در سطح جهانی دشوار است. ۳- نبود ارتباطات بین‌المللی: دانشگاه کابل ارتباط محدودی با دانشگاه‌ها و مؤسسات تحقیقاتی بین‌المللی دارد. این باعث می‌شود نتواند در کنفرانس‌ها یا تبادل علمی نقش داشته باشد. ۴- فرار مغزها: بسیاری از استادان و دانشجویان مستعد، به دلیل ناامنی و نبود فرصت‌های علمی، کشور را ترک می‌کنند. این
