برخی از زنان مهاجر افغانستانی به سازمان دیده‌بان حقوق بشر گفتهاند که پولیس پاکستان گاهی برخی از زنان و دختران افغانستانی را مورد آزار و اذیت جنسی قرار داده و آنها را تهدید به تجاوز جنسی کرده است. این سازمان میگوید که مقام‌های پاکستان تخلفات گسترده علیه مهاجرین افغانستانی انجام دادهاند. اخیرا قنسولگری طالبان در شهر کراچی از ربوده شدن یک دختر مهاجر افغانستانی از سوی یک «شخص نظامی پاکستان» خبر داد. دیده‌بان حقوق بشر گزارش داد که پولیس و سایر مقام‌های پاکستان بر علاوه بازداشتهای دستهجمعی و ضبط اموال و داراییهای مهاجران افغان، تمامی اسناد هویتی هزاران مهاجر
