آیت الله علی خامنهای رهبری انقلاب اسلامی ایران، در پیامی، ضمن تسلیت به مناسبت کشته شدن اسماعیل هنیه گفته است «اسرائیل با این اقدام زمینه مجازات سختی را برای خود فراهم ساخت» علی خامنهای، در ادامهی پیام خود، خونخواهی رییس دفتر حماس را که در حریم جمهوری اسلامی ایران کشته شده است، وظیفه کشورش دانسته و بر تلافی آن تاکید نموده است. بیشتر ناصر کنعانی، سخنگوی وزارت امور خارجه ایران نیز در پیامی در اکس نوشته بود«خون این مجاهد نستوه به هدر نخواهد رفت.»
