افغانستان دوران معاصر تا زمان حکومت‌داری امیر عبدالرحمن خان (۱۸۸۰-۱۹۰۱)، حوادث زیادی را پشت سر گذاشت که ازجمله‌ی مهم‌ترین آن‌ها، جنگ دوم افغانستان و انگلیس، حاکمیت امیر یعقوب خان و امضای پیمان کندمگ و… بود که هرکدام در جای خودش قابل‌توجه است؛ اما با روی‌کار آمدن امیر عبدالرحمن خان، اوضاع تغییر کرد و وی با سرکوب و خفقان حکومت مطلق‌العنان را به وجود آورد.
به نوشته غبار، امیر عبدالرحمن خان، بعد از پادشاهی و قبض قدرت برای تشکیلات به‌هم‌ریخته دست‌به‌کار شد. وی تشکیلات زمان شیرعلی خان را نپذیرفت، زیرا به تعبیر خودش به هیچ‌کسی اعتماد نداشت. بنابر این، تمام دوایر مختلف دولت زیر نظر مستقیم شخص شاه قرار گرفت و امیر درعین‌حال که پادشاه بود، صدراعظم، وزیرحربیه، داخله و خارجه نیز بود.
به‌جرئت می‌توان گفت که پادشاهان افغانستان اندیشه‌ی اصلاحی نداشتند و درعین‌حال استعمار انگلیس هم از خودکامگی آنان حمایت می‌کرد. چنانچه انگلیس‌ها، درآوردن عبدالرحمن خان به حیث امیر قوی و سرکوبگر نقش مستقیم داشتند. هرچند که برخی مورخین از عبدالرحمن به‌حیث معمار نوین افغانستان یاد کرده اند، اما به اعتراف شخصی خود عبدالرحمن، وی ۱۲۰ هزار نفر از افراد ملت را قتل‌عام کرده است که با کنایهی بعضی از نویسندگان، شاید بهترین اصلاحات ایشان، سرکوب و قتل‌عام مردمان ازبک، تاجیک، هزاره‌ها و شیعیان افغانستان باشد.
غبار وقتی از عبدالرحمن یاد می‌کند، وی را مرد سنگدلی می‌داند که در طول سیزده سال با شمشیر تمام، مردم را خلع سلاح کرده و قیام‌های اصلاحی را سرکوب کرد. به نوشته‌ی وی، ازجمله‌ی مهم‌ترین قیام‌های که سرکوب شد، قیام مردمان غزنه، هرات و میمنه به دلایل سیاسی و قیام مردم پنجشیر به خاطر سنگینی مالیات و شورش مردم سرکوب شد.
به‌هرحال، آنچه در نقد و ذکر وقایع زمام داری دوران امیر عبدالرحمن خان برجسته شده، محور آن کشتار شیعیان و هزاره‌ها است. ولی با توجه به قرائن تاریخی، وی در کنار سرکوب و قتل‌عام شیعیان، مردمان ازبک شمال افغانستان را به دلیل شورش اسحاق خان به‌شدت سرکوب نمود. همچنین مردمان تاجیکان تخار، بدخشان، پروان و در کل شمال شرق افغانستان را نیز به دلایل عدم پرداخت مالیات و شورش‌ها دسته‌دسته به جوخه اعدام سپرد.
به نوشته مارتین انگلیسی و گریگوریان، اقوام ساکن تمام ترکستان زمین و یا ولایات شمال امروزی افغانستان به جرم «انتقام‌گیری» از سردار اسحاق خان که اعلام استقلال نموده بود، مورد کینه‌توزی، خشونت نظامی، بی‌خانمانی، تطاول، غصب زمین‌ها، تصفیه نژادی و… توسط عبدالرحمن و دولتمردانش قرار گرفتند؛ آنان ضمن ذکر وقایع آن زمان می‌گویند که در جریان بیست‌ویک سال زمامداری امیر عبدالرحمن خان، یک‌صد هزار تن، یعنی حد اوسط ۵۰۰۰ تن هرسال اعدام شدند. به نوشته بعضی از مورخین، حداقل ۱۰ هزار تن از اعدام‌شدگان تنها مردمان بلخ بودند.
مثلا خبرنویس کابل، در ذکر وقایع آن زمان نوشته که در بین ماه سپتمبر ۱۸۸۸ تا می ۱۸۹۰ دست‌کم روزانه ۷۰۰ تن اعدام شدند. گفته‌شده که در اوایل جنوری ۱۸۸۹ در مزار شریف تمامی خانه‌ها عزادار بوده است. اگر این گزارش راست باشد و مبالغه‌ای در کار نباشد، امکان دارد تعداد واقعی کشته‌شدگان مردمان شمال (ازبک و تاجیک) شاید بسیار بیشتر باشد.
از سوی هم، مثلا درزمینه‌ی سرکوب مردمان تاجیک گفته‌شده که در ۲۸ اکتوبر ۱۸۸۸، عبدالرحمن خان تنها در چاریکار در یک روز حدود پنجاه تن را به مرگ محکوم نمود. در اواسط جون ۱۸۸۹ منشی کابل در آن زمان ادعا نموده که هر شب ده تن از تاجیکان در میدانی در پشت قلعه بالا حصار به قتل می‌رسیدند، درحالی‌که دیگران در تپه‌های سیاه سنگ زیرخاک دفن گردیدند. تنها در شب ۱۹ جون، هشت زندانی اوزبیک، پشتون و دیگران اقوام سپاهی‌های کوتوال قطعه‌قطعه شدند.
در همین حال، شخص عبدالرحمن خان در سفرنامه و خاطرات خویش، از کشتن مردم ولسوالی امام صاحب و تالقان این‌گونه نقل می‌کند:
«سوارهایی که من به جهت پیش‌قراولی مأمور کرده بودم اتصالا با این جمعیت مشغول از زدوخورد بودند و از طرفین دویست نفر کشته می‌شدند و کسانی را که اسیر می‌شدند من به دهن توپ می‌گذاشتم. در مدت سه‌ساله اغتشاش تعداد کسانی که به این قسم من کشته‌ام تقریبا پنج هزار نفر می‌شدند و تعداد کسانی که از دست لشکر من کشته شدند ده هزار نفر بودند.»
امیر عبدالرحمن از خشونت، جنگ‌های تهاجمی، کشتارها و اعمار کله‌منارها در مورد مردم قطغن، تالقان و بدخشان با غرور این‌گونه می‌کند: «این جنگ نه ساعت ادامه داشت. از طرف دشمن سه هزار نفر در میدان جنگ کشته شد و از طرف ما تخمینا صد نفر کشته و چند نفر زخمی شدند. ششصد اسیر و پنج هزار اسب از دشمن به دست ما افتاد. من حکم دادم مناری از سرهای مقتولین دشمن ساختند تا بقیه دشمن خائف شوند. بعد گزارشی در باب این فتح بزرگ به عمویم نوشته از نصرتی که برای ما حاصل شده بود او را تبریک نمودم». این قصه در کتاب خاطرات امیر عبدالرحمن خان ترجمه غلام مرتضی‌خان قندهاری به کوشش ایرج افشار چاپ تهران آمده است.
به‌هرحال، هرچند در ظاهر امر، اقوام ساکن تمام ترکستان زمین و یا ولایات شمال امروزی افغانستان به جرم «انتقام‌گیری» از سردار اسحاق خان مورد کینه‌توزی، خشونت نظامی، بی‌خانمانی، تطاول، غصب زمین‌ها، تصفیه نژادی و… توسط عبدالرحمن و دولتمردانش قرار گرفتند؛ اما در واقعیت امر، امیر کابل جهت «تسلط مطلق» تک قبیلوی، تک خاندانی و شخصی خود از خون‌ریزی‌ها، قتل‌ها و اعمار کله‌منارهای مسلمان و غیرمسلمان مردم ما در سراسر افغانستان هم دریغ نکردند که اوراق تاریخ به آن شهادت می‌دهد. لازم به ذکر است که در این نبشته، مجال بحث در زمینه‌ی قتل‌عام شیعیان و هزاره‌ها، به‌عنوان قربانی اصلی اعمال عبدالرحمن خان نیست و در مجال دیگر به این مبحث خواهیم پرداخت.
