شاید آن دم که تولی خان پسر چنگیز هرات را بر خلاف همه شهرهای دیگر برای بار دوم خراب کرد به ذهن کسی هم خطور نمی‌کرد که روزی این شهر ویرانه و این ملک بی فرزند به پایتخت یکی از مقتدر ترین امپراتوری های مشرق زمین بدل شود و در میدان گوی سبقت از دیگران برباید و بر صدر همه ممالک فارسی زبان بنشیند.
دیری نکشید که پس از هجوم سیل آسا و جنایتکارانه سپاه چنگیز خان که هست و نیست خراسان بزرگ را به باد داد و از آن آتش سوزنده و آن سیمرغ پیر خاکستری بیش باقی نگذاشت ققنوس خراسان دوباره سر بر آورد، خاندان محلی از روستاهای اطراف هرات بزرگ (منظور از هرات قبل از دوره ظاهر شاه آن ولایتی است که شامل غور، بادغیس و فراه نیز می‌شده است.) که از قضا از تبار وزیر دانای سلطان بزرگ غیاث الدین غوری بودند عنان کار را به دست گرفتند، به اینان ملوک کرت می‌گفتند، پیش از اینکه ملوک کرت در خراسان برای خود شوکت و قدرتی به هم آورند هرات بگونه کامل ویرانه گشته بود و چند ده نفر بیشتر در آن زنده نمانده بودند، این شاهان که عده ای کاملا مستقل و عده ای نیز سر به فرمان مغولان نهاده بودند هرات را احیا کردند، در زمانه ای که بلخ و مرو و نیشابور در حال مردن بود فقط هرات این شانس را پیدا کرد تا زنده بماند و قوی شود، آنان در و دیوار شهر را درست کرده و مسجد جامع را آبادان و ارگ کهن هرات را نیز مرمت نمودند و سیستم های آب یاری را ترتیب کرده و در حل معیشت مردم هرات و خراسان تلاش های فراوانی نمودند اما در همین زمان سپاه تیمور گورکانی دوباره این مملکت را به شهری بی در و پیکر و به ملکی بی اختیار تبدیل نمود، تیمور با رفتن از هرات پسر کوچک خود شاهرخ میرزا را به ولایت بر این شهر گماشت اما دستور داد تا در و دیوارهای شهر را همانگونه ویرانه نگه دارند، با وفات تیمور در قضیه اختلاف بین فرزندان و نوه هایش شاهرخ پیش دستی کرد و توانست قسمت بزرگ ملک پدر را متصرف شود، پس از آن بود که شاهرخ میرزا تصمیم به بازسازی هرات گرفت و هر روز تا زنده بود بر هرچه بهتر آبادان کردن آن کوشید.
در همین زمان در سال ۸۴۴هجری قمری در خانه یکی از محترم ترین چهره های دربار امپراتوری تیموری کچکپنه بهادر پسری زاده میشود که علیشیر نامش می‌نهند، این کودک در نخست به تحصیل علوم با اشارت پدر مشغول میگردد و سپس پدر را به محافل و مجالس دربار همراهی میکند، ابوالقاسم بابر فرمانروای تیموری او را چون فرزند خویش دوست دارد و به پدرش بابت داشتن چنین فرزندی همیشه مبارک باد میگوید، در نظامیه هرات که آن زمان بهترین دانشگاه دوران بود با پسری هم سن و سال خویش حسین بایقرا که البته از تبار تیمور است درس میخواند و رفیق میشود و همین رفاقت هاست که علتی میشوند برای ماندگاری نام چنین فرزانه ای در دل تاریخ.
علی شیر نوایی در میانه جدال های فرمانروایان تیموری از مشهد به هرات و از آنجا به سمرقند میرود، وضعیت اقتصادی اش نیز پس از وفات پدر به سختی می‌گراید و نهایتا زمانیکه در سمرقند است و سلطان حسین بایقرا آشوب های سراسر مملکت را خاموش کرده و جای خود را بر پایتخت فرمانروایی تیموری بقول تاریخ نویسان آن روزگار بلده‌ی طیبه‌ی هرات مستحکم میکند، امیر علیشیر به پاس دوستی ره به سوی هرات می‌برد و نهایتا به دربار سلطان می‌رسد در نخستین ایام وظایف کوچکی بر عهده دارد و پس از آن است که وظیفه‌ی ریاست دیوان سلطنت را بر عهده می‌گیرد، علی شیر برخلاف آنچه رسم آن روزگار مقتضی است از در تواضع در می آید و با مردمان و اطرافیان خویش از در دوستی و رفاقت سخن میزند که همیشه موجب تحسین سلطان حسین است، سلطان حسین او را به وزارت خویش بر میگزیند و همینجاست که عملکرد درخشان علیشیر نوایی به چشم میخورد هم خود را در دل تاریخ جاودانه میکند و هم سلطان حسین بایقرا را.
علیشیر که خودش یک هراتی است در ترویج فرهنگ تلاشی فراوان به هرچه میدهد و در آبادان کردن این ملک کارهایی ویژه و بزرگ انجام میدهد، هرات و خراسان را به شهر و مملکتی آرام بدل میکند.
علیشیر نوایی یکی از نویسندگان پرکار ادبیات است او را شاعر ذواللسانین و پدر ادبیات ترکی جغتایی میدانند زیرا خمسه‌ی به رسم نظامی گنجوی به این زبان در نظم می‌نگارد و در نثر نیز آثار فراوان دیگر، دیوان شعری بزرگی نیز که ترتیب آن را از امیرخسرو دهلوی پیروی میکند برای این زبان می‌سراید.
دیوان شعری نیز به زبان فارسی دارد که نشانگر طبع روان و قریحه شعری اوست.
او دوستی به نام مولانا جامی دارد، در واقع امیر علیشیر مولانا جامی که اکثر مردمان خراسان با نام او همیشه آشنا بوده اند را به استادی بر میگزیند و در شعر های خویش به او حضرت مخدومی خطاب میکند.
در دیوان فارسی تخلص خویش را فانی و در دیوان ترکی جغتایی تخلص خود را نوایی ذکر کرده است.
امیر علیشیر خدمات شایانی در خراسان بزرگ و برای این خطه پهناور انجام داده است، او بناهای خیریه و اکثرا از پول خویشتن اعمار و یا مرمت کرده است
مسجد جامع هرات را بازسازی کرده است، مسجد جامع زیارتگاه را نیز بشیوه بسیار عالی ترتیب داده است.
آرامگاه امروزی خواجه عبدالله انصاری نتیجه کارکرد این وزیر دانشمند است، بنای نمکدان و باغ بزرگ حول آن، بازسازی بنای آرامگاه های دیگر مثل آرامگاه ابوالولید آزادانی، آرامگاه میر عبدالواحد شهید، اعمار مجدد آرامگاه شهزاده ها و…
همچنین ساخت ایوان جنوبی صحن عتیق حضرت رضا در مشهد، نخستین بنای آرامگاه شیخ فریدالدین عطار نیشابوری، و همچنین بنای آرامگاه قاسم انوار وسایر ابنیه که جمعا کار امیر علیشیر حدود سیصد بنا یا بیشتر از آن است که مجال بیان همه نیست.
او در میان هرات و توس نیز نهری بزرگ درست کرده بود.
در هرحال امیر علیشیر نوایی جدای از این مسایل، وزیری است خردمند و متعهد، در کارها اهتمام کامل دارد و بر پرهیزگاری بسیار مصر است، در زندگانی خود همیشه حامی اهل فرهنگ است و به دستور اوست که نخستین تاریخ بزرگ در زبان فارسی یعنی تاریخ روضه الصفا را میرخواند می‌نگارد و حافظ ابروی هروی زبدت التواریخ و جغرافیایی خود را مینویسد و ده ها اثر گرانبهای دیگر به دستور و یا به درخواست وی در ادب فارسی پا می‌نهند. وی صدها شاعر را نیز به نوبت حمایت میکند، از جامی که او و سلطان حسین بایقرا و سلطان محمد فاتح و سلاطین ممالیک وهمگان عرض ارادت نزد او دارند تا هلالی جغتایی که یکی از غزلسرایان بی‌نظیر ادبیات فارسی است و دیگران…
امیر علیشیر نوایی به عرفان نیز علاقه ویژه دارد چنانکه از هر شعر او بوی عرفان می آید و درس اخلاق و تصوف، با خواجه عبیدالله احرار و حضرت جامی و جناب حسین واعظ کاشفی در این مسیر همراه است و همگام و حامی این بزرگان در این عرصه.
زندگی سیاسی امیرعلیشیر نیز توانمندی و قدرت کامل و اشرافیت او را به این امر مهم نشان میدهد، مدیریت و مهار اتفاقات متعدد و در عین حال حفظ وقار و وجاهت، پیشوایی مردمان در امور خیر و جایگاه بلند در میان خراسانیان آن روزگار.
دوره تیموریان را چند چهره درخشان کرده است که پس از گوهرشاد میتوان به امیر علی شیر اشاره نمود، امیر علی شیر برخلاف وزرای قبل و بعد از خود ثروت اندوزی نمیکند و هرآنچه از وزارت و غیر آن بدست می آورد در خدمت به مردم صرف میکند.
یکی از ویژگی خاصه او خوش پوشی و یا بقول امروزیان شیک پوش بودن اوست، چنانکه برای خود با ذوقی که به این کار دارد نوعی لباس ویژه و کلاه و چپن مخصوص تعبیه میکند که به نام او مشهور میشوند، بگونه مثال چپن امیر علی‌شیری یا لباس امیرعلی‌شیری و آن در عین حال که فاخر ترین لباس است در نوع دیزاین و ترتیب نیز جایگاه ویژه و برجسته ای دارد.
امیرعلیشیر در اواخر عمر ترک همه مسایل سیاسی میکند و به عزلت نشینی روی می آورد تا آنکه در سال ۱۹۰۶ در زادگاه خود دارالسلطنه هرات چشم از جهان می‌بندد و در کنار مسجد و مدرسه امیر علیشیر نوایی که خودش ساخته بود دفن میشود، اما نامش برای ما و همه خراسانیان و بسیاری از مردمان آسیای میانه برای همیشه ماندگار است و جاوید.
امیر علیشیر نوایی با خدمات شایان خود و شاهان تیموری بویژه شاهرخ میرزا و سلطان حسین بایقرا هرات را از آن شهر ویران شده به یکی از زیبا ترین شهرهای زمان خود بدل کردند، چنانکه وقتی سلطان محمد فاتح استانبول را تصرف کرد گفت میخواهد آن را به سویه هرات بسازد.
